V roce 1997 založil s manželkou Vandou autorské studio Atelier Štěpán, jež se zabývá architekturou, veřejným prostorem a uměním, rozvíjí archetypální pojetí architektury. Je známé svými sakrálními stavbami, novostavbami i rekonstrukcemi. Ateliér je nositelem významných ocenění (např. The 10 Best Buildings of 2017 – Azure). Marek Štěpán byl poradcem kancléře prezidenta republiky a vede laboratoř sakrálního prostoru na VUT v Brně.