Tato více než dvoumilionová investice byla z převážné míry financována z Fondu rozvoje vysokých škol MŠMT (projekt 1108/2009) a menší měrou Fakultou stavební VUT (vnitřní grantový systém, projekt Výuková laboratoř konfokální mikroskopie).
Zatímco u běžných optických přístrojů (fotoaparátů a kamer) se dosahuje co největší hloubky ostrosti při zobrazování, u konfokálního mikroskopu je tomu právě naopak: snahou je dosáhnout co nejmenší hloubky ostrosti. Dosahuje se toho zařazením konfokální clonky do optické dráhy mikroskopu těsně před detektor. Clonka odstraní paprsky, které nepřicházejí z roviny zaostření, a výsledný obraz obsahuje pouze ostré body vzorku a ostatní (nezaostřené) chybí. Když se postupně vzdaluje objektiv od povrchu vzorku a současně se exponují a ukládají snímky, vzniká série ostrých optických řezů („vrstevnic“), ze kterých lze digitálně rekonstruovat povrchový reliéf vzorku. Jakmile je tento trojrozměrný digitální reliéf vytvořen, lze softwarově provádět nejrůznější analýzu povrchu, čehož se hojně využívá např. při průmyslovém testování kvality výrobků.
